股权转让收入是指转让方因股权转让而获得现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益等，是要按规定缴纳税款的。

股权转让收入包含违约金、补偿金、订金、赔偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，并且按照合同约定，在满足确定性条件后取得的各种形式和名目的后续收入，都应该当作为股权转让收入。

符合下列情形之一的，主管税务机关可以核定股权转让收入，到时不仅要补缴税款，还有罚款和滞纳金。

具体政策

（一）申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的；

（二）未按照规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；

（三）转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料；

（四）其他应核定股权转让收入的情形。

（一）能出具有限文件、证明被投资企业因国家政策调整，生成经营受到重大影响，导致低价转让股权；

（二）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶，父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人。

（三）相关关法律、政府文件或者企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让：

（四）股权转让双方能够提供有效证据证明其合同性的其他合理情形。

个人转让股权，以股权转让方为纳税人，受让方为扣缴义务人，按照“财产转让所得”缴纳个人所得税，税率为20%。

具体的计算公式为：

应纳税额＝应纳税所得额*20%

应纳税所得额=股权转让收入-股权原值-合理费用

纳税人、扣缴义务人应该在股权转让行为发生后次月15日内，向被投资企业所在地的主管税务机关申报纳税。

首先需要判断股权转让收入是否低于股权净资产份额。

本案例中不涉及土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的情形。

以净资产账面价值为基础。

净资产=实收资本+资本公积+未分配利润+盈余公积=100+10+40=150万元

在出资不足的情况下，股东小李对应的净资产份额=（公司总净资产-全部实收资本）×认缴比例+股东出资=（150-100）×50%＋40=65万元

50万元小于65万元，转让价格偏低，按65万元核定转让收入。

小李应纳个人所得税=（65-40）×20%=5万元

政策依据

1.中华人民共和国个人所得税法第二条、第六条、第九条、第十三条等（2018年8月31日 中华人民共和国主席令 第九号）；

2.中华人民共和国个人所得税法实施条例第六条、第十七条等（2018年12月18日 中华人民共和国国务院令第707号）；

3.国家税务总局关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知（国税发（2000）60号）；

4.国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复（国税函（2005）130号）；

5.财政部 国家税务总局关于股权分置试点改革有关税收政策问题的通知（财税（2005〕103号）；

6.国家税务总局 关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复（国税函〔2006）866号）；

7.国家税务总局关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复（国税函〔2007〕244号）；

8.国家税务总局关于股权转让个人所得税计税依据核定问题的公告（国家税务总局公告2010年第27号，全文废止）；

9.国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告（国家税务总局公告2011年第11号）；

10.国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告（国家税务总局公告2014年第67号）；

11.财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知（财税（2015）41号）；

12.国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告（国家税务总局公告2015年第20号）；

13.财政部 国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知（财税〔2016〕101号）；

14.国家税务总局关于股权奖励和转增股本个人所得税征管问题的公告（国家税务总局公告2015年第80号）。